Von Beginn an war es Nicolas Vouilloz, der das Tempo der diesjährigen Rallye Lyon-Charbonnières-Rhône bestimmte. Nach einer Bestzeit in der Auftaktprüfung, in der er seinem direkten Konkurrenten Patrick Henry gleich mal vierzehn Sekunden abnahm, konnte Vouilloz im BSA-Peugeot seinen Vorsprung am ersten Tag weiter ausbauen.
Auch während der zweiten Etappe war der vom französischen Automobilverband geförderte Fahrer nicht zu stoppen und vergrößerte seinen Vorsprung bis ins Ziel auf 37.9 Sekunden. Der Zweitplazierte Patrick Henry kämpfte während des Saisonauftaktes noch mit dem für ihn ungewohnten Citroën Xsara WRC des Teams PH Sport. Dritter wurde David Salanon im älteren Peugeot 206 WRC, sein Rückstand betrug schon annähernd vier Minuten.
Dahinter reihte sich Patrick Rouillard im Gruppe A-Toyota Celica GT-Four ein, der die Wertung in der Michelin Trophy für sich entschied. In der Super 1600-Kategorie waren die beiden Renault-Piloten, deren Fahrzeuge von LAD Motorsport eingesetzt werden, nicht zu schlagen. Letztendlich setzte sich Cedric Robert überlegen gegen Yoann Bonato durch. In der GT-Klasse hatte Nicolas Bernardi im Porsche 911 GT3 die Nase vorn und wurde Siebenter in der Gesamtwertung.
Endstand der 58. Rallye Lyon-Charbonnières-Rhône 2006:
1. N. Vouilloz/N. Klinger - Peugeot 307 WRC 1h 48:12.6
2. P. Henry/M. Lombard - Citroën Xsara WRC + 37.9 Sekunden
3. D. Salanon/C. Combronde - Peugeot 206 WRC + 3:47.7 Minuten
4. P. Rouillard/G. Zazurca - Toyota Celica GT-Four + 4:25.6
5. C. Robert/G. Bedon - Renault Clio S1600 + 5:05.9
6. Y. Bonato/B. Boulloud - Renault Clio S1600 + 5:53.6
7. N. Bernardi/J.-M. Fortin - Porsche 911 GT3 + 7:24.2
8. J. Maraval/S. Foissey - Peugeot 306 Maxi + 7:32.2
