Die Skoda-Werksfahrer übernahmen schon nach der Auftaktprüfung die Führung der in diesem Jahr erst im Oktober ausgetragenen Rally Bohemia, der Heimveranstaltung des tschechischen Autoherstellers. In der Auftaktprüfung in Mlada Boleslav erwies sich der Finne Juho Hänninen als Schnellster, dem der Teamkollege mit 3.7 Sekunden Rückstand folgte.
Die dritte Position belegte zu diesem Zeitpunkt mit 5.4 Sekunden Rückstand auf den Führenden der Meisterschaftsfavorit Roman Kresta im Peugeot 207 S2000, der sich jedoch am zweiten Tag ein Hinterrad an seinem Einsatzfahrzeug abriss. Letztendlich reichte dem ehemaligen Ford-Werksfahrer der zehnte Gesamtrang zum vierten Titelgewinn und das obwohl sein härtester Widersacher Vaclav Pech die Rallye als Gesamt-Vierter beendete.
Hinter den Skoda-Werksfahrern Hänninen und Kopecky beendete Gaststarter Andreas Mikkelsen im weiteren Fabia S2000 den dritten Gesamtrang. Der Norweger startete in Tschechien mit einem Fahrzeug des A-Style Teams, welches von MRT eingesetzt worden ist.
Endstand Rally Bohemia 2009:
1. J. Hänninen/M. Markkula – Skoda Fabia S2000 35:19.4
2. J. Kopecky/P. Stary – Skoda Fabia S2000 + 0:14.4
3. A. Mikkelsen/O. Fløene – Skoda Fabia S2000 + 0:59.3
4. V. Pech/P. Uhel – Mitsubishi Lancer Evo IX + 1:22.5
5. J. Tarabus/D. Trunkat – Fiat Punto Abarth S2000 + 1:32.4
6. J. Sykora/M. Skardova – Mitsubishi Lancer Evo IX + 1:39.4
7. J. Orsak/K.l Vajik – Mitsubishi Lancer Evo IX + 1:50.8
8. V. Stajf/M. Doleckova – Subaru Impreza WRX N14 + 1:54.8
