Den Prolog entschied Tamas Turi zeitgleich mit György Aschenbrenner für sich, der jedoch für die Gesamtwertung nicht gewertet wurde. Die Rallye begann erst am frühen Samstag und beflügelt von der gefahrenen Zeit am Vorabend übernahm Tamas Turi beim seinem ersten Einsatz im Skoda Fabia WRC des Profiko-Teams die Führung, die er auch bis zur vierten Prüfung behaupten sollte. Ein Getriebeschaden zwang Turi zur Aufgabe.
Die Spitzenposition übernahm daraufhin der ehemalige ungarische Champion Balazs Benik im Ford Focus WRC03 des tschechischen Teams JM Engineering, der erst nach der zehnten Prüfung Janos Toth den Vortritt lassen musste und die Etappe mit 4.3 Sekunden Rückstand beendete.
Die erste Prüfung der zweiten Etappe sollte die Vorentscheidung bringen. Der amtierende Meister Toth verlor bei seinem Debüt im Peugeot 307 WRC des französischen BSA-Teams 13.7 Sekunden auf Benik, der sich somit die Führung zurück erkämpfte und im Laufe des Tages sogar noch knapp ausbauen konnte.
Dritter wurde Csaba Spitzmüller im Peugeot 206 WRC mit knapp über zwei Minuten Rückstand. Den Sieg in der S1600-Kategorie errang Robert Butor für sich, Krisztian Botka gewinnt die Gruppe N-Wertung als Gesamtachter.
Endstand der 3. Start Auto Rallye 2006 Eger:
1. B. Benik/I. Varga - Ford Focus WRC 1h 25:19.2
2. J. Toth/B. Bahor - Peugeot 307 WRC + 16.0 Sekunden
3. C. Spitzmüller/M. Kazar - Peugeot 206 WRC + 2:00.9 Minuten
4. L. Vizin/A. Taborszki - Toyota Corolla WRC + 4:02.9
5. K. Angyalfi/J. Nyírfas - Mitsubishi Lancer E6 Gr. A + 4:55.5
6. D. Botka/K. Gabura - Mitsubishi Lancer E6 Gr. A +5:05.2
7. R. Butor/V. Toth - Suzuki Ignis S1600 + 5:14.6
8. K. Botka/P. Mihalik - Mitsubishi Lancer E6 Gr. N + 5:18.4
